Sarımsak üretiminde ürün ve kalite kaybına neden olan viral hastalıkların erken teşhisi amacıyla hazırlanan “Sarımsak (Allium sativum L.) Üzerinde Hastalık Yapan Bazı Sarımsak Viral Kompleks Virüslerinin Hızlı Tanılanması Amacıyla RT-LAMP (Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification) Primerlerinin Geliştirilmesi” başlıklı proje hayata geçirildi. Yürütücülüğünü Kilis 7 Aralık Üniversitesi öğretim üyesi Doç. Dr. Bekir Bülent Arpacı’nın üstlendiği projenin araştırma ekibinde Karabük Üniversitesi (KBÜ) Orman Fakültesinden Doç. Dr. Kamil Sarpkaya ile araştırmacı İbrahim Sönmez yer alıyor.

Sarımsak üretiminde çoğaltım materyali olarak kullanılan dişler, enfekteli bitkilerde bulunan virüsleri bir sonraki üretim dönemine taşıyabiliyor. Aynı bitkide birden fazla virüsün eş zamanlı bulunabilmesi ve bazı enfeksiyonların dışarıdan belirgin hastalık belirtisi göstermemesi, sağlıklı tohumluk ve üretim materyalinin yalnızca gözle yapılan incelemelerle seçilmesini zorlaştırıyor. Proje, tarımsal üretimde karşılaşılan bu kritik soruna yönelik hızlı, güvenilir ve sahada uygulanabilir moleküler tanı yöntemlerinin geliştirilmesine odaklanıyor.

Çalışma kapsamında, sarımsakta ekonomik öneme sahip OYDV, LYSV, GarV-D ve GarCLV virüslerinin tespitine yönelik RT-LAMP primer setleri geliştirilecek. Hedef virüsün genetik materyalini tanıyarak çoğaltma işlemini başlatan kısa diziler olan primerlerin tasarımında, Türkiye’deki sarımsak üretim alanlarından elde edilen genom verileri ile uluslararası veri tabanlarındaki diziler birlikte analiz edilecek. Böylece Türkiye'de bulunan virüslerin genetik farklılıklarını dikkate alan yerli ve özgün tanı araçlarının oluşturulması hedefleniyor.

Taşköprü Dahil 14 Lokasyon İncelendi

Projenin temelini, Türkiye'nin önemli sarımsak üretim merkezlerinden Kastamonu-Taşköprü’nün de aralarında bulunduğu 14 farklı lokasyondan toplanan örnekler üzerinde gerçekleştirilen ön çalışmalar oluşturuyor. Saha çalışmalarında elde edilen virüs genom verileri, yeni primerlerin tasarlanması ve tanı performanslarının değerlendirilmesinde kullanılacak.

RT-LAMP yöntemi, hedef genetik materyalin sabit sıcaklıkta çoğaltılmasına imkân tanıyor. Projede uygulanacak renk değişimine dayalı yöntemle, test sonucunun reaksiyon tüpünde oluşan renk üzerinden çıplak gözle doğrudan değerlendirilebilmesi amaçlanıyor. Çalışmada ayrıca floresan sinyallerinin izlendiği hassas analizler gerçekleştirilecek ve geliştirilen primerlerin performansı klasik RT-PCR yöntemiyle karşılaştırmalı olarak test edilecek. Yürütülen araştırmayla, ileri laboratuvar cihazı gereksinimini azaltabilecek ve gelecekte doğrudan tarla ve sera gibi saha kullanımına uyarlanabilecek tanı uygulamalarına bilimsel temel oluşturulması hedefleniyor.

Tanı Kitlerinin Tasarımı ve Güvenilirlik Testleri Yürütülecek

Projenin primer tasarımı aşamasında görev alan Karabük Üniversitesi Orman Fakültesi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Kamil Sarpkaya, hedef virüslere uygun moleküler tanı araçlarının geliştirilmesine bilimsel katkı sunacak. Tasarlanan primerlerin virüsleri doğru tespit etme başarısı, düşük miktardaki viral materyali belirleyebilme kapasitesi ve diğer virüslerle hatalı/çapraz reaksiyon oluşturma riskleri deneysel olarak değerlendirilecek.

Projeden elde edilecek sonuçların; sarımsakta sağlıklı üretim materyalinin seçimine, viral hastalıkların erken evrede belirlenmesine ve etmenlerin üretim alanlarına yayılma riskinin azaltılmasına doğrudan katkı sağlaması bekleniyor. Üniversiteler arası iş birliğiyle yürütülecek çalışma, bitki sağlığı alanındaki moleküler tanı araştırmalarını sarımsak üretiminin ihtiyaçlarıyla buluşturacak.